iPhone12 ProをAmazonの整備品で購入　バッテリー最大容量が89%で新品同様になるか？

89%を新品同様というのはちょっと厚かましすぎるように思いますが、最近は、最大容量は割合早く90ちょっと上ぐらいにはなるように思います。バッテリーの持ちをよくするためにあえて100％に近い数字にはしないようにも思います。

一般的には89%では新品同様とは言えないのでは？

劣化での交換基準が保証期間内に80%切ることなので、劣化がリニアに進行したとしておよそ半分ですし…

交換費用はこちら（保証対象外の費用でしょう）

iPhone のバッテリー交換 - Apple サポート 公式サイト (日本)

返品も選択肢かと

Amazonの商品ページには「新品同様」との表現がたしかにあります。これは不適切かもしれませんね。

ただし、バッテリーについては「80%以上」ということもはっきりと説明されています。

また、満足がいかない場合は180日の返品保証とも...

それぐらいの金額なら、返品して新品を購入されてはいかがですか？