iPhone 復元　現在の番号入力したが本人確認が取れませんとなります

古い方で確認コードを取得できるはずなので、それを新しい方に入力する。

新しいのが使えるようになったら、信頼できる電話番号を更新しとく。

確認コードを入手して 2 ファクタ認証でサインインする - Apple サポート (日本)

こちらをご確認ください。

＞「違う番号」みたいなのを選び今現在の番号を入力

これはあらかじめ登録した番号を選択するもので、その場で新しい番号を入力はできませんが。

> そのiPhoneからアップルにサインインしてみたところコードも普通に飛んできました

それはそのiPhoneが信頼できるデバイスとして登録されてるから、インターネット経由でApple IDに通知で確認コードを送ってきたのです。新規端末では信頼できる端末に登録などできてませんのでApple IDに通知では確認コードを送ってきません。今まで使ったことない端末をいきなり信頼できる端末にできたら誰でも簡単に乗っ取りできてしまいます。

新iphoneにiPhone seと同じApple IDを設定するのなら、まず、iPhone seの設定＞Apple ID>パスワードとセキュリティを開け、確認コードを入手にします。すると、seに確認コードを送ってきますから、新iphoneで同じApple IDにサインインして、確認コードにはseで取得した確認コードを入力してやれば良いです。もちろんあまり時間あけると確認コードが無効になりますので、速やかに行う必要があります。