iPad とiTunes を同期したらビックリマークがついたものがあり曲が無くなった

バックアップは有りますか、あれば、それから戻すだけです。

後、単に何らかの理由でiTunesの曲情報と実際の音源ファイルにずれができているだけか。

例えば「acacia[アカシア]」ってエクスプローラから検索できますか?

有れば、その音源ファイルと結びつけていくだけ。

これをチマチマとやるよりも正常だった時のバックアップを戻す方が時短です。

どこをみたらいいのかと言うのは無いかと?

Windowsだと有るのかな、当方には確認できません。

今、お使いのパソコンは家族のものですか、それでしたら持ち主に聞いてみるとか。