雲に矢印のついたマークをクリックすると、ダウンロードのような表示がされるが保存先はどこか

まさに見えているそのディレクトリですよ。

ちょっと補足。

雲マークが付いている状態は、そのディレクトリに当該フォルダあるはずだという情報だけが見えているのです。

実ファイルはローカルに存在しませんので、そのままではローカルで扱うことができません。

ダウンロードすれば、見えているその場所に実ファイルがダウンロードされますので、ローカルで扱う方ができるようになります。

「~/Library/CloudStorage/マイドライブ」に保存されているはず。