乗っ取られた Apple ID を削除してもらうことはできますか

Apple IDを乗っ取られると、そのApple IDを設定してたiPhoneなどのデバイスはアクティベーションロックを解除できなくなり、別のApple IDでも使えなくなります。なので、乗っ取られて困ってることを報告すると、そのApple IDは使えなくなり、問題のデバイス（すべて）の購入証明書を添えて依頼すれば、それらのアクティベーションロックを解除してもらえます。アクティベーションロックを解除してもらえれば、新しいApple IDを設定してまた利用できるようになります。

アクティベーションロックの解除方法 - Apple サポート (日本)

仮にアップルがApple IDを管理データベースから削除すると、そのApple IDをセットしていたiPhoneは使用不能になりますが。

利用可能人するには、購入証明書をアップルに提示して初期化可能にしてもらう必要がある。

参考

Apple ID の不正利用が疑われる場合 - Apple サポート (日本)