クレジットカードを登録した場合、クレジットカードからではなく Apple アカウントの残高から引かれるか

失礼致します。

クレジットカードで登録した場合はクレジットカードからではなくApple IDの残高から引かれるのでしょうか？残高はあります。

下記リンクの「請求対象となるお支払い方法」の項目に、以下の様に記載されていますので、Apple アカウントに支払い金額以上の残高が有る場合は、全額 Apple アカウントの残高から支払われます。

● アイテムを購入した場合やサブスクリプションの料金を支払う場合、以下の順序でお支払い方法に代金が請求されます。

1. Apple アカウントの残高から、請求額の全額が差し引かれます。
2. Apple アカウントの残高が無い場合や、請求総額を賄うには残高が不足している場合は、主要なお支払い方法への請求が試みられます。 主要なお支払い方法とは、iPhone の「設定」でリストの一番上に表示されているお支払い方法です。 どのお支払い方法をリストの一番上にするかは、自分で決められます。
3. 主要なお支払い方法に問題が有る場合や、主要なお支払い方法に請求残額を全額請求出来ない場合は、リストの上から下の順番で、他のお支払い方法への請求が試みられます。 どの方法でも請求出来ない場合は、最初から請求がやり直されます。

Apple の App、コンテンツ、サブスクリプションの料金の請求の仕組み - Apple サポート (日本)

残高優先です。

残高が不足すると、残りはクレジットカードによる支払いになります。