Logic proでJUNO-DSの音を録音したい

JUNOのオーディオアウトプットをLogicのオーディオトラックに録音すればいいと思う。

midiトラックで編集すればいいんじゃない？

で、編集が完了すればJUNOをオーディオトラックに録音する。

そうすればJUNOを外してもいいと思う。

兎にも角にも，あなたにはLogicなどDAWにおけるMIDIレコーディング，オーディオレコーディングに対する基本的な理解がまず必要だと思います。

チャンネルも合わせてしっかり音は出るんですが

JUNOの音はどういう系統で聴いていますか？

チャンネルとはMIDIチャンネルのことと想像しますが，MIDIチャンネルなんか関係なくJUNOの鍵盤を叩けばJUNOの音は出ている状況ではないですか？。

midiケーブル外して外で確認したらJUNO-DSで弾いたはずのトラックの音がLogic内の音源が鳴るorそもそも音が聞こえなくなる

MIDIケーブル外したらJUNOの音など聴けるはずもありません。

Logic内の音が鳴る→ソフト音源トラックにMIDIレコーディングしてるのではないですか？

そもそも音が聞こえなくなる→外部MIDIトラックにMIDIレコーディングして，外部MIDIシンセ（JUNO)が繋がっていなければ音が出るわけがない。

あなたの文面からは概ねそう読み取れます。

というわけで，最初の一歩から勉強なさるのが近道だと思います。