間違えてアップルIDのサインアウトをして、削除されたファイルを復旧したい。

「デスクトップフォルダと書類フォルダ」のチェックは入っていたが、容量不足でアップロードされていなかったということでしょうか。

Time Machineでバックアップをとっていますか。

Time Machineバックアップがあるなら、メニューバーから「Time Machineに入る」で、サインアウト前でできるだけ新しいバックアップを表示します。Finderウィンドウのサイドバーの「デスクトップ」をクリックして、右のエリアに削除された書類が見えているなら、その書類を選択して「復元」を押せば戻るような気がします。やってみてください。

「デスクトップフォルダと書類フォルダ」のチェックを外せば（ローカルにあるはずの）書類が戻るのではないかと予想しますが、私自身がこのオプションを使ったことがないので、チェックをオン／オフしたときの挙動を正確に把握できていません。なので、上記のバックアップからの復元をまずお勧めしました。

バックアップがない場合は、詳しい方のコメントを待つか、直接Appleサポートに相談した方がよいと思います。

Apple サポート (公式)

上記の「お問い合わせ」からどうぞ。チャットと電話は対応可能時間帯のみ選択肢が表示されます。

再びサインインしても戻ってこないのでしょうか。

サインアウトしたら消えたというなら、iCloudに保管されていたことになると思いますが…。

設定＞Apple ID＞iCloud Driveの「オプション」で「デスクトップフォルダと書類フォルダ」にチェックが入っていますか？　チェックが入っていれば、デスクトップのファイルはiCloudにアップロードされています。