Apple Pay を設定してますが、モバイル Suica にチャージできません

Suicaアプリにクレジットカードを登録して、Suicaアプリからチャージしてみると、限度額に関するエラーダイアログが出るということですかね。

また、同じクレジットカードをPASMOアプリに登録して、PASMOアプリからPASMOには問題なく「入金（チャージ）」できるということでいいですか？

揚げ足を取るようで恐縮ですが、一般ユーザはPASMOに対して課金はできないのですよ。

上記に相違がなければ、当該クレジットカードがSuicaに対応していない可能性も含めて、まずはSuicaのサポート、次にクレジットカードのサポートに連絡してみてください。

Suicaアプリにクレジットカードを登録して、Suicaアプリからチャージしてみるとどうですかね。