Apple PayでSuicaにチャージできません、

不定期でこの手の話題があがりますね。

クレジットカードがアプリ間決済で使えない場合にこの症状がでます。

最初からアプリ間決済ができない場合もありますが、今までできていたのにクレジットカードのセキュリティ機能のアップ（更新）などである日いきなりできなくなることもあります。

xyさんも書かれていますが、Suicaアプリ内にクレジットカードを登録し、Suicaアプリ内でチャージするのがいいと思いますよ。

あるあるなので、できればSuicaアプリにクレジットカードを登録してチャージに使う。