iCloudで同期していたiPhoneの写真データがiPadのものに上書きされてしまった

iCloudと同期していなかったiPadをiCloud写真と同期したからといって上書きにはならないのですよ。追加同期です。

iPhoneではiCloud写真はオンでしたか？オフでしたか？

また、iPhoneとiPadは同じApple IDを使っていますか？

念の為

www.icloud.com

でiCloud写真を確認してみてください。

可能性の一つとして……

iPhoneでiCloud写真がオンになっていた場合、写真はバックアップ対象になりません。クラウド上にあるから。

で、本来ならiPhoneの写真がiCloudへ全て同期されているはずだったのが、何等かの理由により同期が進んでいなかったと。

その時点でiPhoneを無くしてしまったので、iCloud写真上にiPhoneの写真がないのでは……。

iCloud写真をオンにしている場合でも、写真のiCloudへのアップロードをきちんと確認しとかないと、バックアップ作成後の写真は復元できませんが。