iMac Time Machine 10.12→10.15 データが不完全に移行される

困り果てましたので質問いたします。

iMac2017

内蔵SSD1TB（AFPSという形式に初めてフォーマットしました）

外付けHDD1TB（Time Machine）

1TBのうち750GBを使用

OSを上げるためインストールUSBでシエラからカタリナにクリーンインストール後、外付けHDDのTime Machineをつないで移行アシスタントで復旧しようとしました。

（シエラでは問題なくサクサク動いていたiMacです）

デフォルト通りすべてにチェックしたまま移行開始しましたが、ほとんどのデータが移行されないのです。

920GBほど空きがあり、アプリケーションは移行されているようですが、そのほかのデータ類が何度やっても抜け落ちます。

ネットで検索しましたが、同様の事例は見当たりません。

私も初めての経験で、さすがに朝から晩までやって疲れてきました…

実は同機種かつ同環境の2台同時にそれぞれ移行作業をしたのですが、アプリケーションのみ移行されて、他データはされないという、同じ現象が起こっているのです。

もしかしたらインストールUSBが壊れているのではと疑い始めたくらいです…

アドバイスを頂けませんでしょうか？

よろしくお願いいたします。