VIP 登録してないメールも含め全て VIP の中に入ってしまう

私も、iOS17にアップグレードした際に同様の症状が発生しましたが、試しに一度メールアプリを削除して再インストールしたら直りました。

iPhone 14Pro

iOS17

での環境です。

削除したら現在のメール達は消えますか？

私は、設定しているメールは全てIMAPで設定しているため、メールは消えませんでしたが、POP3で設定しているメールがあるようでしたら、消える可能性はあります。

いずれにせよ、メールアプリ削除の前に、メールをバックアップしてから作業した方が良いと思います。