クイックスタートをする場合に、移行元のSIMカードを移行先に入れ替えるタイミングがわからないのですが、教えて頂けますか

いつでも大丈夫ですが、私は1番最初（こんにちはの画面の時）に入れ替えてます

新しいiPhoneを設定という画面も「こんにちは」の画面の時に出てきます

クイックスタートを使って新しい iPhone や iPad にデータを転送する - Apple サポート (日本)

クイックスタートする前に入れ替えておく方が良いかも。

入れ替えずにクイックスタートをすると、現在では、電話番号の移行で、物理simをesimに変えて移行してしまいます（当然物理simは使えなくなります）。それでも構わなければ良いのですが、物理simが使えなくなるのが嫌なら予め物理simを移しておく方が良いかもと思います。

移行元の新しいiPhoneの設定の画面は、WiFiに繋がっててbluetoothがオンなら、横でまっさらのiPhoneをアクティベートすれば然るべき時に自動で出ます。