CD の曲を iTunes から Apple Music に追加時、自動的にライブラリに追加されますか

＞iTunesからiPhoneのApple Musicに移行した時

どのような方法で移行しましたか？

Apple Music（アプリではなく有料のサブスクリプションサービス）を利用していて、iCloudにアップロードしてからiPhoneにダウンロードしたのでしょうか。

それともパソコンにiPhoneを接続して同期したのでしょうか。

どちらにしろ、移行した曲はもちろんライブラリに追加されます（逆に言えば、ライブラリに追加されなかったらその曲はどこにあるのか…ということになります）。

えーと、よくわからないのですが、ライブラリに入れたくなければ同期しなければよいのでは？

特定の曲だけをライブラリに入れる方法はあります（「チェックマークをつけた曲だけ同期する」というオプションがあったと思います）。

あらかじめiTunesの方でプレイリストを作っておいて、特定のプレイリストだけを同期することもできます。

で、プレイリストに表示される曲はライブラリにも表示されるはずです（でも二重に曲がコピーされているというわけではありません）。

ライブラリにはiPhone内のすべての曲があるというのが仕様だと思いますし、その方が直感的にわかりやすいと思いますが。