外観でdark modeにならない

一般論では解決に繋がらないので、具体的なサイトを明示しましょう。

また両機種でSafariにインストールされている機能拡張に違いがないか

確認してください。どんなものがインストールされているか、いないのか

も明示した方が解決の早道です。

Safariが表示する画面はそのサイトの設定に依存するので

普通は変わりませんよ。対応しているサイトは少ないです。

darkにならないというのは、「ダーク」アイコンを選択できないのでしょうか、

選択しても変化しないということでしょうか？

アプリケーションによってはダークモードをサポートしないものもあります。

＞全てです。

システム設定で切り替えるとシステム設定のウインドウ自体も切り替わるはずですが、これも変化しないということですか？

”バー”（メニューバー？）はきちんと変化しているようですからOSの問題では無いように思いますが、

Safariのアプリーケーションに限定した問題ということでいいですか？

＞先日買ったiMac

中古ですか？

もしそうなら購入後クリーンインストールはしていますか？

こんなコマンドを打った覚えはありませんか？

MojaveでDockとメニューバーだけ暗くする｜MacFan

元に戻すコマンドで治るとおもいます。