ファイルアプリからPDF書類が消えました

ファイルの「最近使った項目」から、削除したとか。

「最近削除した項目」に残っていれば復活可能ですけど…?

ファイルアプリのiCloudに保存していたのは 確実なのでしょうか。

同じAppleIDでサインインしていますか。

iCloudストレージは余裕がありますか。

iCloudの違うフォルダに保存されている…ということもなさそうですね？

もしファイルを多数保存しているなら、違う名前になってしまっている、、、ということもない？

ファイルアプリは、端末ストレージ内や、マウントしているクラウドにファイルを読み書きするアプリなので、実際の保存先を調べるのでは。