AppleStoreからアカウントに1000円チャージしたんですけど支払い方法？が分かりません

iPhoneの「設定＞氏名＞お支払いと配送先」の一番上にその1,000円が表示されていますか（Apple IDか、Apple Accountという項目だと思いますが）。

表示されていれば、買い物したときにApple IDの認証後（TouchID/Face ID/パスワード入力）、自動で1,000円から支払われます。1,000円で不足する場合は、それ以外の登録した支払い方法（クレジットカード、キャリア決済など）から残りが支払われます。