学校用と私用、あるいは仕事用と私用などのような使い方の場合、長い目で見るとApple IDは分けておいた方がいいと思いますよ。
学校用のiPadは自宅に持って帰ることはできないのでしょうかね。
どうしても学校用と私用のApple IDを同じにしたい場合、気を付けることがいろいろあります。
まず、コンテンツは購入した時と同じApple IDを用いることにより、アップデートや再インストールができます。
ですので、私用のApple IDで購入(無料ダウンロード)したものは、学校用のApple IDで再ダウンロードする必要があります。
その際のデータに関してです。
アプリ内で管理されているタイプのものに関して、アプリを削除する際にデータを残すようにしておけば、学校用のApple IDで再ダウンロードした場合も使用できます。
一方アプリ専用のクラウドにデータを保存してある場合(多くのゲームなど)は、アプリごとに引き継ぎが必要となります。当該アプリのサポートを参照して、データを失うことがないように気をつけてください。
iCloud上に存在するデータの場合、Apple IDをサインアウトする際にデバイス内にデータを残すかどうか尋ねられますので、デバイス内にデータを残してください。
学校側のApple IDでサインインするさいに、デバイスないのデータとiCloudのデータを統合するか聞かれますので、統合してください。
サブスクなどは私用のApple IDで契約しているものは全て解約し、学校用のApple IDで再契約するのがいいでしょう。
学校用のiPadではそれなりの制限がかかっていることがほとんどです。
Apple IDを変更する前に、何ができて何ができないのかを、確実に学校側に確認してください。