ミラーリングでApple Pencilが使いたい

全く同じ状況で困っておりましたが、以下の手順で解決しましたので共有致します。sidecarで仮想touchbarと… - Apple コミュニティ

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（1）発信元と宛先デバイス両方のHandoffをオフにした後オン切り替えます。

（2）発信元と宛先デバイス両方のBluetoothをオフにした後オン切り替えます

　　　Handoff を使ってほかのデバイスで作業を続ける - Apple サポート (日本)

（3）有線と無線の接続を試します。

（4）ユーザアクセス権をリセットします。

　　　https://support.apple.com/kb/HT203538?viewlocale=ja_JP

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私はここまでの操作で正常稼働するようになりました。

他に以下の手順も展開していただいております。

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（5）新規管理者ユーザでテストします。

　　　https://support.apple.com/kb/HT204443?viewlocale=ja_JP

　1. Macの画面左上のAppleマークをクリックし「システム環境設定」を開き、上から四段目にある「ユーザとグループ」をクリックします。

　2. 開いた画面の左下にある鍵のアイコンが閉じている状態であればクリックし、パスワードを入れて鍵を開きます。

　3.その鍵のアイコンの少し上にある「 + 」ボタンをクリックすると新規ユーザ作成画面が表示されます。

　4. ユーザー作成画面では次のように設定をします。

　　新規アカウント・・・管理者

　　フルネーム　　・・・test

　　アカウント名　・・・test

　　パスワード　　・・・test

　5. 右下の「ユーザ作成」をクリックし、画面の左側に新しく作成した「test」という項目が増えたか確認。

　6. システム環境設定の画面は閉じていただき、Macの画面の左上のAppleマークから一番下の「ログアウト」を選択します。

　7. ログアウト後は、金澤様のユーザアカウントと新しく作成していただいた「test」が出てきます。

　8. 「test」をクリックするとログインされます。

　9. AppleID等の入力を求められましたら、「サインインしない」「スキップ」等の表示がありますのでApple IDを入れずに設定を進めて下さい。

10.初期状態の画面でMacが起動しますので同じ症状が起きるかどうかの検証をお願いいたします。

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Sidecar使用中のApple Pencilの使用は可能です

iPad で Mac のディスプレイを拡張またはミラーリングしている間は、ポイント／クリック／選択の操作や、描画／写真編集／オブジェクト操作などのタスクを実行したりするために、Mac に接続されたマウスやトラックパッドの代わりに Apple Pencil を使えます。書類を書く、スケッチする、マークアップするのにも使え、出来上がった内容は Mac にもリアルタイムで反映されます。

Sidecar はダブルタップにも対応しています。この機能は、設定画面で有効にします。ダブルタップを有効にすると、この機能に対応したアプリで、Apple Pencil (第 2 世代) の側面をダブルタップしてカスタムアクションを実行できます。

iPad を Mac の 2 台目のディスプレイとして使う - Apple サポート (日本)より

Apple PencilはSidecar不使用時には使用できていますでしょうか？

できている場合はSidecarの接続のし直しやアプリごとの対応も確認してみてください。