旧 iPhone を初期化した数時間後に新端末が初期化されていた

あくまでも推測ですがこういう状況では無いでしょうか。

iCloudから旧端末を削除するためにはまず「紛失としてマーク」が必要なので紛失としてマークされた。

その後削除したが「紛失としてマーク」はオフにならないので初期化後ロックがかかる。

もう一度iCloudから確認したときに誤って新端末も紛失＆初期化してしまった。

どちらにしろはにさんが言われている通りバックアップがあればある程度元に戻せると思います。

普通はデバイスを初期化（全てのコンテンツと設定を消去）しても他のデバイスには影響を与えません。

あなたが行った手順を詳細に書くとヒントになるかも。

そもそも、「初期化をしたあと所有者ロックがかかっていた」というのがおかしいです。探すから削除したのなら、アクティベーションロックも解除されます。まだ削除できてなかったのでは？探すでの削除は、実際に削除されるまでに時間がかかる場合もあります。

バックアップがあれば復元できますけど、なければ普通に初期化して、せいぜいicloudと同期するぐらいしかできません。

他の方も言われてますが、SafariのiCloud.comからデバイスの削除をしたときに間違えたんでしょうね。

旧端末を初期化する前にクィックスタートかバックアップからの復元を行なっていると思いますが、それらが完了したときに新端末のデバイス名を変更していますか…?

変更しておかないとiCloud.comにサインインした時に同じ端末名が表示されると思う。

そんな間違いはしないと言われれば、それまで。