どうして消えたのか?についての回答を持ってはおりませんが、ちょっとだけ。
1つのメールアプリですべてのメールアカウントを閲覧しなければなりませんか?
AppleのメールアプリではiCloudを。
GmailアプリでGmailを。
Y!メールアプリでYahooメールを。
等々。
と、そのメールアカウントに最適なメールアプリで、それぞれを別々に閲覧するのはいかがでしょうか?
フォルダだって設定だって何だって、そのメールアカウントが使いやすいように設計されているのではないでしょうか。
それぞれのメールアカウントの運営会社が設定しているルールの範囲内に明確に居るのなら、トラブルに出遭う頻度は最小化に出来るのかなぁと思います。
私は、ひとつのメールアプリで全てのメールアカウントを閲覧することに興味ないので、
この形で快適に過ごしております。
(キャリアメールは仕方なしに(Appleの)メールアプリに入れてますが、キャリアメールはキャリアとのやり取りにしか使っていないので十分。)
加えて言うなら、iCloudもApple IDなのでAppleとのやり取りにしか使っていません。
それは、Apple IDの乗っ取りの可能性から、なるべく遠ざかっておきたいと思うからです。
もちろん、もう一つiCloudアカウントを作ったってよいのですが、Gmailとかで十分賄えているので今のところは必要を感じていませんので。
WEBメール中心に使うなら、それぞれのメールアプリが使いやすいですけどね。
そして、
Macでメール見るときは、GmailはChromeで。Googleアカウントでログインしていれば、当然のこと、快適に使えますから。
こんな使い方じゃ、ダメでしょうか、、、?