二日目に Apple Pencil Pro の充電が0になっている

失礼致します。

Apple Pencil Pro と互換性が有るのは、iPad Pro（M4）及び iPad Air（M2）ですが、DanielWhite さんがお使いの iPad Pro は、iPad Pro（M4） と言う事で宜しいでしょうか？

iPad のモデルを識別する - Apple サポート (日本)

バッテリー残量の誤表示の可能性を排除する為に、念の為、当該の Apple Pencil Pro で操作して、反応しない事を確認 して下さい。

もし、 Apple Pencil Pro のバッテリー残量が「0 %」なのに問題無く使用出来る場合は、バッテリー残量の誤表示の可能性が有りますので、下記リンクの手順で iPad Pro（M4）を初期化して見ても、同様の不具合が発生するか確認 して見て下さい。

iPhone、iPad、iPod を初期化する (工場出荷時の設定に戻す) - Apple サポート (日本)

いつもapplepencilproの充電が0になっていてもバッテリーに支障が出ないのか心配です。

バッテリー残量が「0 %」の状態が続き過放電が発生すると、バッテリーに回復不能の障害が発生しますので、Apple Pencil Pro が使用出来ない場合は、Apple Pencil Pro のバッテリーの蓄電容量自体が極めて低下 している可能性が有ります。

只、いつも Apple Pencil Pro を使用した後に、iPad Pro（M4）の長い側面の磁気コネクタに取り付けて充電されているのであれば、そもそも Apple Pencil Pro のバッテリー残量が「0 %」になる様な事も無かったはずですので、元々の Apple Pencil Pro が充電されない原因が、 Apple Pencil Pro か iPad Pro（M4）のどちらに有るのか不明 です。

もし、ご家族やご友人が iPad Pro（M4）または iPad Air（M2）と Apple Pencil Pro をお使いの場合は、以下の手順でどちらに問題が有るのか確認 して見て下さい。

（ご家族やご友人の iPad Pro（M4）または iPad Air（M2）と Apple Pencil Pro で、問題無く充電出来ている事が前提です）

【 確認方法 】

• ご家族やご友人の Apple Pencil Pro を、DanielWhite さんの iPad Pro（M4）に取り付けて、問題無く充電出来るか確認。

　　（充電出来ない場合は、DanielWhite さんの iPad Pro（M4）に問題有り）

• ご家族やご友人の iPad Pro（M4）または iPad Air（M2）に、DanielWhite さんの Apple Pencil Pro を取り付けて、問題無く充電出来るか確認。

　　（充電出来ない場合は、DanielWhite さんの Apple Pencil Pro に問題有り）

• 上記のどちらも充電出来ない場合は、DanielWhite さんの iPad Pro（M4）と Apple Pencil Pro の両方に問題有り。

もし、ご家族やご友人が、上記の iPad モデルと Apple Pencil Pro をお使いでない場合は、お近くの Apple 正規サービスプロバイダや Apple Store 直営店に、「持ち込み修理」を予約をした上で iPad Pro（M4）と Apple Pencil Pro の両方を持ち込んで、診断 して貰って下さい。

iPad の修理サービス - Apple サポート (日本)

おかしいですね。

iPadにケースはつけていますか。

ケースがじゃまになって、Apple Pencilが充電ポイント？からわずかに外れているという可能性はないでしょうか（多少位置がずれても磁石でくっつくので可能性は低そうですが…）。

そういうこともないなら、一度iPadとApple Pencilを持って、Apple StoreまたはAppleの正規サービスプロバイダで診てもらうのがいいと思います。