Apple Gift Card - Apple Storeで使いたかったが、App Storeに登録された

失礼致します。

Apple Gift Card から Apple Account に入金した残高は、Apple Store や App Store 等の各ストアに登録される訳ではなく、入金時に使用した Apple Account に紐付けされます ので、入金時に使用した Apple Account で Apple Store にサインインすれば、Apple Store での支払いにも使用する事が出来ます。

（Apple Gift Card 等、一部 Apple Account の残高では購入出来ない物も有ります）

Apple Gift Card や Apple Account の残高で購入できるもの - Apple サポート (日本)

また、デバイスの注文と同時に AppleCare+ の保証も付ける場合は、「キャンセルするまで月額料金をお支払い」を選択すると、「ご希望のお支払い方法は？」のページで、Apple Account の残高及び Apple Gift Card の選択肢が表示されません ので、「期間限定の保証とサポート」を選択するか、製品を購入後に AppleCare+ に加入する必要が有ります。

account残高でiPhoneが買え… - Apple コミュニティ

そのままでApple Storeでも使えますから、近いうちに買い物する予定があるのなら、まったく心配いりません。

ただ、「今すぐ買いたいものがあるわけではなく、そのうち使いたい」ということだと、このままではApp Storeでの買い物やサブスクリプションの支払いにApple Accountの残高が優先して使われてしまい、Apple Storeで何か買おうとしたときには残高が減ってしまっていた…という事態になる可能性があります。しかも、現状では、いったんApple Accountにチャージした金額をキャンセルすることはできないと思います。

Apple Storeで買いたいものがある場合は、早く購入なさった方がいいと思います。

今すぐ買うつもりがない場合は、このままにして購入時期に残高を確認して追加でチャージするか、チャージ金額を戻せないか、ダメ元でAppleサポートに相談してみてはいかがでしょう。

数年前までは区別がありましたが、現在は区別なく使えるようになっています。

>どうしたわけかAppstoreに登録されてしまいました。アップルストアに移動する方法はありませんか？

そのままで、どちらでも使えると思うが。