iPadのPDFにペンでメモを入れたいが、おすすめの組み合わせは何か

「手首をつけたままで書き込める」、つまり手首のタッチを感知しないということなら、どのiPadでも大丈夫です。

Apple Pencilは、iPadの機種ごとに対応するタイプが異なります。まずiPadを決めて（これは予算次第）、それに合わせてApple Pencilを決めるか、Apple Pencilの機能の違いを見比べて（Apple Storeに表があります）、自分に必要な機能を決めてから、そのペンシルが使えるiPadを購入するか、どちらかなのでは？

あと、できるだけ大きな画面がいいなら、iPad AirまたはiPad Proの13インチになると思います。

どのモデルのiPadとPencilでも可能ですが、どれが良いかと言われれば、それは、性能の良い方でしょう。

従って、iPad ProとApple Pencil Proということになりますが、ちゃんと説明や機能を確認してから購入した方がよいと思います。

→iPad

書かれているやりたい事に絞れば、どのモデルでもやりたいことはできるので、予算次第かな…

他に負荷が大きいゲームや画像編集などを行うなら上のモデル、閲覧中心なら下の方でも良いかと。

セルラーモデルなら通信費も必要になってくるし、お財布と相談が一番ですかね〜

Apple Pencilの基本的な使い方しかしないなら、USB-C仕様がお勧め。

iPadが無くても充電可能は大きいと思います。

Apple Pencil第1・2世代、ProはペアリングするiPadを選びます。

追記：『、手首などを付けたまま』ってどういうことですか？

iPadとPencilとの互換性にも気をつけて下さい。（Pencilとの対応性）

ペンを使う必要は必ずしもありません。　指でもキーボードでもメモをいれられますよ。