写真をiCloud上からは消さずに、本体からだけ削除したい

iCloud写真はバックアップとは違いますので、その様な運用はできません。

iCloud写真と本体は解像度を問わなければ、同一です。

ご使用のiPhoneで、設定＞Apple Account>iCloud＞写真（iCloudに保存済み）で、『このiPhoneを同期』のチェックを外すとiCloud写真の同期がオフになります。　オリジナルの写真はダウンロートせずに、そのままにしておきます。　iCloud写真の本体にアクセスする方法は、iCloud.comにアクセスします。　→https://www.icloud.com/photos/

iCloud写真もバックアップとして機能しますが、万が一のために、他にもバックアップをとっておきましょう。