アップルアカウントを変えたいのですが、変えたらアプリなど消えたりしますか？

Apple Accountを新規でもう一つ作ると別人扱いになりますが、こちらの手順でメールアドレスの変更を行なえば大丈夫です。

Apple Accountの主要メールアドレスを変更する - Apple サポート (日本)

アプリは消えませんが、更新できなくなりますので、使えなくなると思います。

以前、Apple Account（旧Apple ID）をキャリアメールからGmailに変更しましたが、キャリアメールの頃インストールしたアプリは今でも問題なく（アップデート等も）使えていますよ。

ただ、ゲームなどで課金したことがないので、そちらについては分かりまねます。