Mac mini - Time Machineで全バックアップはできないのか

＞OSに標準でインストールされているアプリケーションはバックアップされないみたいです。

なるほど、そういうことでしたか。

「Macintosh HD/システム」フォルダの配下はTime Machineバックアプの対象外だったはず。

なので、「Macintosh HD/システム/アプリケーション」フォルダのいわゆる標準インストールのアプリケーションはバックアップされていないということですね。あくまでもアプリケーション本体部分ですが。

各アプリケーションが使用するデータはユーザごとのフォルダなどに保存されているのでバックアップはされています。

追記）

Time Machine を使ったリカバリの基本は、macOSを別途新規インストールした後にTime Machineでバックアップした部分のデータを上書きする仕様なので、OSバージョンアップ以外で変更されることのないものはバックする必要がないということ。

横から失礼します。

＞OSに標準でインストールされているアプリケーションはバックアップされない

当たり前じゃないですか。これらはmacOSと深くカップルしてますので、macOSと一心同体と言っても良いものです。そんなもの別にバックアップして別々に管理できたらかえって間違いの元です。違うバージョンのmacOSと組み合わせたりしたら、macOSかアプリかどちらかあるいは両方ともまともに動きません。

＞Time Machineは現行のmacOSのバックアップなので、基本は違うバージョンのmacOSと組み合わせることにはなっていない

timemachineのバックアップから移行する際、アプリのみとかの選択もできます。もし、macOSに付属のアプリを異なるmacOSバージョンの環境に移行すれば、おかしなことになります。

macOSのバージョンが違えば（Apple純正）アプリケーションの数も違いますけど...

そういうことではなくて？