iPhone整備済製品の購入について

失礼致します。

iPhone整備済製品はAppleギフトカードを使用して購入可能でしょうか、

可能です。

（最大 8 枚の Apple Gift Card を利用出来ます）

Apple Account の残高ではなく、直接 Apple Gift Card を利用する場合は、下の画像の様に「ご希望の支払い方法は？」のページで、「ギフトカードをお持ちですか？」のリンクをクリック（またはタップ）し、

表示される入力欄に、Apple Gift Card の PIN コードを入力して「適用」のリンクをクリック（またはタップ）します。

また購入した端末を自宅近くのApple Storeで受け取ることは可能でしょうか

可能ですが、Apple Store 直営店で注文品を受け取る際には、有効な写真付き「身分証明書」と「注文番号」 をご持参下さい。

現在iPhoneSE第二世代64GBを使用していますが、iPhone整備済製品購入の際、下取りは可能でしょうか

残念ながら、整備済製品注文時に下取りを申し込む事は出来ない 様です。

整備済製品を受け取りに行った際に、Apple Store 直営店で別途下取り をして貰っては如何でしょうか？

Apple Trade Inイベント - Apple（日本）

Appleの運用に関わることであり、変更の可能性もあるので、Appleに問い合わせるのが確実なのでは。