オンラインストアで購入後、店舗で下取りするのは可能ですか？

失礼致します。

今まで使ってたiPhone11を店舗に直接持って行って下取りしたいですが、可能ですか？

可能 です（当該の iPhone 11 が物理的に損傷しておらず、正常に動作する場合）

できれば、Gift Cardではなく、支払い金額から返金される形にしたいです。

残念ながら、Apple Store 直営店での下取りの場合は、Apple Gift Card での受け取り になるかと思います。