残高があるのにキャリア決済に請求が行ってしまう

失礼致します。

状況が良く分かりませんが、「残高」と言うのは Apple Account の残高の事 と言う事で宜しいでしょうか？

その場合、Apple Account に設定している「お支払い方法」に、エラー（赤文字）等が発生していないか確認 して見て下さい。

（「設定」＞「自分の名前」＞「お支払いと配送先」）

もし、既に登録済みの Apple Account の「お支払い方法」にエラーが発生している場合は、まずその問題を解決しないと、後から Apple Account の残高をチャージしても、支払いを行う事は出来ませんので、エラーが発生しているお支払い元に問い合わせて、問題を解決 する必要が有ります。