同じApple IDのiPhoneを片方はそのまま残し、もう片方は新しくApple IDを使って全く切り離したい

息子さんのiPhoneで設定＞名前（Appleアカウント。今はApple IDといいません、Appleアカウントです）を開け、下までスクロールすると、サインアウトがありますので、ここでサインアウトすれば良いです。この時にデータを残すかどうか聞いてきますので、残すにします。その上で、新しい（息子さん用の）Appleアカウントを作成します。基本的には、これで良いのでは？

あとは、必要に応じて、お互いのiPhoneでいらないものを消去します。息子さんのiPhoneには叔母さんからのアプリも入ってくると思いますが、これをアップデートしようとすると、叔母さんが使ってるパスワードを要求されます。これを避けたいなら、ファミリー共有にするか、息子さんのiPhoneでアプリはすべて削除して、息子さんのAppleアカウントで、今までのアプリを新たにダウンロード・購入することになります。