iPad(A16)新品購入開封時に充電残量0%だったときは新品交換してもらった方がいいでしょうか？

失礼致します。

こういうときに新品交換してもらえるものなのでしょうか？

結論から言えば、製品の受け取りから 14 日以内で、お近くに Apple Store 直営店が在り、購入した製品と同じ在庫（同じモデル、スペック、カラー等）が有る場合 は、お近くの Apple Store 直営店に持ち込んで交換可能です。

（お近くに Apple Store 直営店が無い場合や、購入した製品と同じ在庫（同じモデル、同じスペック、同じカラー等）が無い場合は交換する事は出来ませんので、本体交換するにはバッテリーに不具合が有る事を確認 する必要が有ります）

お近くのApple Store - ストア一覧 - Apple（日本）

既に購入時点で0%になっていたことでバッテリーが劣化していないかが心配です。

確かに、通常は 50 % 前後充電した状態で保管されているはずですし、バッテリー充電残量 0 % の状態が続くと、過放電が発生して、バッテリーに回復不能の障害が発生する可能性が有りますが、バッテリーの充電残量が 0 % なだけでは不具合とは言えませんので、それによって本当に不具合（バッテリーの劣化）が発生しているかどうかを確認 する必要が有ります。

iPad（A16）であれば、「設定」＞「バッテリー」＞「バッテリーの状態」でバッテリー最大容量（劣化具合）を確認 する事が出来ますので、確認して見て下さい。

iPadのバッテリーの状態と履歴を確認する方法 - Apple サポート (日本)

バッテリー最大容量（劣化具合）が 80 % 未満である場合は、初期不良で「ご購入頂いた製品に問題が有る場合」ですので、Apple サポート（受付時間 : 午前 9 時 ～ 午後 9 時）に連絡して、「購入したばかりの iPad（A16）のバッテリー最大容量が 80 % 未満である」旨を伝えて下さい。

（下記リンクの「ライブサポートへのお問い合わせ」＞「日本」＞「国内からかける場合」の電話番号）

Appleサポートへのお問い合わせ - Apple サポート (日本)

Apple では、Apple の検査でバッテリーの蓄電容量が、本来の 80 % 以上である場合は、「正常」な状態と言う認識 ですので、バッテリー最大容量（劣化具合）が 80 % 以上である場合は、80 % 未満になってから修理サービスを依頼 して下さい。

（購入後 1 年間の Apple 製品限定保証や AppleCare+（加入されている場合）の保証期間内に、Apple の検査でバッテリーの蓄電容量が、本来の 80 % 未満に低下した事と、不具合の原因が一郎77 さんの責任（過失や事故等）ではない事が確認されれば、無償での本体交換 になります）

iPadの修理サービス - Apple サポート (日本)

受け取り時にバッテリーが0％というだけでは交換は無理では？

確かにバッテリー0％の状態は過放電が起こりやすく、バッテリーの劣化が起こる可能性はあります。しかし、通常は、たまたま0％になってぐらいでは、バッテリー不良と判断されるほど（最大容量80％以下）には劣化しません。もし、バッテリーの不良でそういう状態になりやすいのであれば、限定保証（通常の使用による購入後1年以内の不具合に対する無償修理）で修理の対象になる可能性はあるでしょうけど。Apple Careに入ればもっと長期間保証の対象になります。

確かに購入後14日以内なら、理由の如何を問わず返品はできます。でもそれは返品であって交換ではありません。返品してまた注文することになります。返品だから、最初の購入金額は戻ってきますが、かなり期日を要することも覚悟しておく必要があります。注文すれば、それようの購入金額が発生します。短期間は二重の負担になることを覚悟する必要があります。