macOS 26.3 - iCloudメッセージが一部しか同期されない

メッセージはエンド・ツー・エンドの暗号化の対象です。このため、全てのデバイスで独自の鍵で暗号化されてます。このため、エンド・ツー・エンドの暗号化のリセットをしてやらない限り、全てのデバイスで全てのメッセージを同期することはできません。エンド・ツー・エンドのリセットとは、同じAppleアカウントを利用してるデバイスでは暗号化の鍵を共通化する作業です。これをやっておけば、全てのデバイスでiCloudに保存されてるもの全てを同期できるようになります。

設定のAppleアカウントに、さらに設定が必要とか出て、赤丸がついてたりしませんか？

赤丸がついてるものを全て対応します。Appleアカウントのパスワードを入力すると同時に、他のデバイスのパスコード（iPhone、iPadの場合）やパスワード（Macの場合）の入力が必要になります。