iPhone SE (第 3 世代) - システムデータを減らしたい

＞バックアップを取ろうにも過去にリンゴループになった経験があるので

iCloudバックアップを取っていませんか（「設定＞氏名＞iCloud＞iCloudバックアップ」の「このiPhoneをバックアップ」）。デフォルトではオンになっていると思いますが。

iCloudバックアップがオンで、iCloud写真を利用していない場合は、iPhoneで撮った写真もバックアップに含まれています。

このバックアップがあれば、やはり一気に初期化してバックアップを戻すのがいいと思います。

バックアップがない場合は、写真のほかに、使っていないアプリの削除も検討してみては？

「設定＞一般＞iPhoneストレージ」を開くと、「おすすめ」の中に「非使用のアプリを取り除く」という項目があります。ご自分でひとつひとつ確認しながら削除してもいいですが、一度これを使ってみてはどうでしょうか。アプリはあとで再ダウンロードできますから（ただし、App Storeから消えてしまったアプリは再ダウンロードできないので、使っていないけれど消したくないアプリがある場合は、ご自分で確認しながら手動で削除してください）。

目的のシステムデータを減らすには、ある程度容量が空いたところで、バックアップを取って初期化する必要があると思います。

そして、最近の一般的な使い方では、128GBではまたすぐに容量不足になるのではないでしょうか。

写真をよく撮るのなら、iCloud写真の利用をご検討ください（iCloudストレージを増やす必要があると思いますが、iPhoneにダウンロードするデータを「最適化」すれば、容量が十分の一ほどに削減されるそうです）。

横からすみません。

とりあえずすべての設定のリセットをするとどうでしょうか。

iPhoneの設定をデフォルトにリセットする - Apple サポート (日本)

何かのバグで写真を削除してもシステムが増えるケースがあつようです。

共有アルバムに写真を追加後、アルバムから写真を削除した場合に そうなっちゃうんじゃないかと睨んでいるのですが、そういう使い方してませんか…？

2GBって、ほとんど空き容量がないということなので、ちゃんと動くうちにバックアップを取って初期化した方がよいと思いますが……

全体のストレージ容量が書かれていませんが、初期化してもすぐにいっぱいになるようなら、容量の大きなモデルに買い換えることも検討してはいかがですか。

wifi接続で使ってシステムデータが減らないようなら、初期化してバックアップを復元してみるくらいか。

ストレージの空きが実質ゼロになると、物性的に削除不能になるので、初期化するしか無くなる。

>減らないですね、、、

分単位じゃなく日単位だが。

面倒なら先に書いた初期化&バックアップ復元を試す。