iPhoneSEでロック解除時のホームボタンの指紋認証は有効なのに、使用中は画面上に勝手に出るホームボタンしか使えない

強制再起動をしても戻りませんか？下のリンクはiPhone SE（第2・第3世代）用です。

iPhoneを強制的に再起動する - Apple サポート (日本)

もし、iPhone SE(第1世代)を使用している場合はこちらのリンクです。

iPhoneを強制的に再起動する - Apple サポート (日本)

なお、ホームボタンが反応しないという場合は、再起動を試してみてください。

iPhoneのオン/オフを切り替える - Apple サポート (日本)

これを行なっても改善されない場合は修理に出してみるといいでしょう。

AppleによるiPhoneのサービスと修理 - Apple サポート (日本)

ただし、iPhone SE(第1世代)は修理の対象外ですので、Apple以外の修理店へ相談してみてください。そして、その場合は指紋認証（Touch ID）が使えなくなる可能性があることに注意してください。

確かにホームボタン自体は「完全に」死んでいるわけではありません。実はiPhoneのホームボタンは指紋を読み取るセンサーとホームボタンを押したかどうかを感知するセンサーの2つが別々の回路で機能しています。そのため、指紋認証はできるが、ホームボタンを押しても反応しないという現象は十分あり得ます。つまり、今回はホームボタンを押したかどうかを感知するセンサーだけが断線・故障してしまっている可能性が高いです。なので、分割払いも終わったとのことですが、残念ながら設定で復旧させるのは難しく、修理に出すか、AssistiveTouchを使い続けるしかなさそうです。

修理の価格は以下の通りです。なお、最終的な修理サービス料金は、デバイスの診断・検査を行った上で確定されます。iPhone SE(第1世代)に関しては前にもお伝えした通り、Appleでは修理の対象外となります。

AppleCareに加入していない場合、iPhone SE(第3世代)

AppleCareに加入している場合、iPhone SE(第3世代)

AppleCareに加入していない場合、iPhone SE(第2世代)

AppleCareに加入している場合、iPhone SE(第2世代)

画面上に勝手に出るホームボタン

→AssistiveTouchのこと？

設定→アクセシビリティ→タッチ→AssistiveTouchをオフにすれば消えるはず。

1. 「設定」  ＞「アクセシビリティ」＞「タッチ」＞「AssistiveTouch」と選択します。

iPhoneでAssistiveTouchを使用する - Apple サポート (日本)