こんばんは。
以下、私はPages 15.xを利用していないので、Pages 14.5(7045.0.17)での確認結果になります。
ご相談の状況が再現できましたが、回避する方法はわかりませんでした。
(ご希望の回答とは異なりますが、テキストボックスに目次データを貼り付けることで編集可能にして、手作業での目次の作成を省力化することはできるようですね。)

<現象の再現手順>
①ツールバー「書類」ボタン > サイドバー「書類」タブ をクリックして、
・用紙サイズを A5 に変更
・「縦書きテキスト」チェックボックスにチェック
②書類に タイトル と入力して選択し、ツールバー「フォーマット」ボタン をクリックして、
・「段落スタイル」を "本文" から "見出し" に変更
③書類の タイトル と入力した文字列の直後に入力キャレットを置いて、command + return でページ区切りを挿入
④そのまま、command + a で書類上の入力内容を全選択して command + c、書類の 2ページ目の行頭に入力キャレットを置いて、command + v を20回試行
⑤書類の 1ページ目の行頭に入力キャレットを置いて、メニューバー「挿入」>「セクション区切り」を実行
⑥書類の 新たな1ページ目の行頭(セクションが追加されたため空っぽ)に入力キャレットを置き、ツールバー「フォーマット」ボタン >(「テキスト」タブ内)「レイアウト」ボタン をクリックして、
・「段組み」を 1 から 2 へ変更
⑦そのまま、目次を追加
MacのPagesで目次を作成する - Apple サポート (日本)
⑧追加された目次を選択して、ツールバー「フォーマット」ボタン >「テキスト」タブ をクリックして、
・「タブ」の「ストップ」を 17cm から 8.07cm に変更
・「タブ」の「リーダー」を なし から ----- に変更
なお、崩れつつも作成はされた目次のデータは、文書の構造の変化と連動できない静的な文字列としてですが、テキストボックスに貼り付けることができるようです。ただし、文書の構造に合わせて、ページ番号を振り直したりする必要があるなど、通常の目次とは機能的に異なります。

⑨目次を選択して command + c し、delキーで目次を削除し、テキストボックスを追加してテキストボックス内をクリック後 command + a で全選択してから command + v で目次データを貼り付けます。
⑩テキストボックスの位置と大きさを調整します。
⑪テキストボックス内を再度クリック後 command + a で全選択し、ツールバー「フォーマット」ボタン >「テキスト」タブ >「レイアウト」ボタン をクリックして、
・「段組み」を 1 から 2 へ変更
・「タブ」の「ストップ」を適宜調整
・「タブ」の「リーダー」を ----- に設定