思い出してほしいのですが、iPhone SEを使っていた当時、写真はそのiPhoneの中だけにあったのですか(iCloud写真を使っていなかったことはたしかですか)。
現在、iPhone SEの「設定>氏名>iCloud」で「iCloud写真」はオンになっていますか(OSバージョンが古いので、現在のメニューと用語や場所が違っている可能性がありますが、探してみてください)。
それから、iPhone SEのストレージの空き容量と、iCloudストレージの空き容量(こちらは現在使用中のiPhoneで確認する方がいいかもしれません)は?
起きたことから推測すると、iPhone SEのiCloud写真がオンになっていて、Wi-Fiにつないだことにより、写真の同期が始まったのだと思います。でもこれは、iPhone SEの写真がiCloudにアップロードされ、現在iCloudにある写真(現在のiPhoneの写真)がダウンロードされる(iPhone SEの写真もいずれは現在のiPhoneにダウンロードされる)ということで、旧iPhoneの写真がなくなることはないはずなのです。ただ、すべての写真の同期が完了するまでは、一時的にiPhone SEから写真が消えたように見えるかもしれません。また、iPhone SEとiCloudのストレージの空き容量が少ないと、同期が完了しない(アップロードもダウンロードも中途半端になる)可能性があります。
私はiCloud写真を利用したことがなく、これ以上のアドバイスはできないので、詳しい方のコメントを待つか、Appleサポートに連絡して現在の状況を確認してもらってください。
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