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Apple PencilというよりかはiPad miniの問題のように見えます。一応チップを付け直したり再ペアリングしてください。
iPadでApple Pencil（USB-C）をペアリングする/充電する - Apple サポート (日本)
OSはそのiPad miniが対応する最新のバージョンにしてください。
強制再起動もお試し下さい。
6世代以降の場合
1. トップボタンに近いほうの音量調節ボタンを押してすぐに放します。 2. トップボタンから離れたほうの音量調節ボタンを押してすぐに放します。 3. トップボタンをAppleロゴが表示されるまで押し続けます。
5世代の場合
ホームボタンとトップボタンを同時に、Appleロゴが表示されるまで押し続けます。
治らない場合、本体に問題がありそうなので修理を検討してください。
AppleによるiPadのサービスと修理 - Apple サポート (日本)