OSXでのアプリケーションの置き場所は？

ApplicationsフォルダからSystem Preferencesといくつかのファイルとフォルダが移動できません。

そうでした。
いつの間にか、本筋のアプリケーションの保存場所のことから、
ありがとうございます。
アクセス権とTerminalの操作に気をとられてました。
OSXデフォルトのアプリケーションは動かさない方がいいですよね。それは判ってます。
ただ、ほかにも自分で追加したアプリケーションが移動できなくなってしまってたりするもので。。
それで、とりあえずTerminalを使ってアクセス権を得る方法を覚えたいと思ってるところなのです。
でも、なかなかうまくいかなくて。。気付いたらSystemPreferenceがだけが他のファイルと振る舞いが違ってしまってたものですから、もしかしたらいじっていておかしくしてしまったのかと思って、知っている人がいたらお教え頂けたらと思っているところなのです。
ちょっと質問の中身がばらけちゃって判りづらいみたいですね。
あらためて、質問をわかりやすく小分けにして、新しくスレッドにしようと思います。

＞1.
　：
＞HDD直下とApplicationsに書き込み許可してるつもりなのですが。。
＞sudo chmod o+w /ではダメでしょうか？
パッケージの中の属性が変わっていない所為でしょう。
＞2.
＞また、Applicationsフォルダ内にさらにフォルダがあるような場合、その中のファイルにまで権限を及ばすにも、sudo chmod o+w /Applicationsというコマンドは有効ですか？
それともこのコマンドはApplications直下のみでしょうか？
指定した階層だけです。下の階層を（再起的に）変更する為にはオプションを指定する必要があります。そのオプションは自分で調べましょう。また、安易にアクセス権を変更しまくるのは危険ですので、よく考えてからにしましょう。何故そのアクセス権が設定されているのかをよく考えて下さい。ホーム以下以外のアクセス権は本当に必要な時以外触らない様にしましょう。
＃まあ、ここまで安易につきあった私も悪いかもしれませんけど、自分の環境でやろうとは思いません。
あと、koguleさんも書かれてますけどシステムデフォルトのアプリケーションを触るのはやめましょう。恐らくテストのつもりなのでしょうけど、ホームの下などにその為の場所を作ってそこでやるのが無難です。テスト用のユーザを作ってそのユーザのホーム以下でやるのもいいですね。
ユーザが操作出来ない（移動出来ない／変更出来ない）様にしてあると言う事は、触ってはいけないと言う事です。それを無理矢理触ると言う事は、何があっても自分で対処出来ると言う事です。対処出来なければ触らない。
＞3.
＞Terminalで"ls -l" コマンドで設定を確認したいのですが、調べたいファイルやフォルダのあるディレクトリまで移動する方法が判りません。どう入力したら良いですか？
自分で調べましょう。
この質問文に含まれる単語で検索すればすぐ見つかります。
＞4.
＞"unKnown"というグループがありますが、これは何ですか？
＞アクセス権の説明ではグループは"admin" "staff" "wheel" の３つということでしたが..。
そういう名前のグループです。ユーザと同様にグループも追加出来ます。
＞５.
＞ちなみにグループとかユーザーって後から書き換えたり狂ってしまったりすることはあるのですか？
（自動にしろ手動にしろ／そういう変更を行なうアプリケーションを起動するなど）ユーザが何らかのアクションを起こし意図して変更しない限り、変わる事は無いです。書き変わっていると言う事は、そうなる様なアクションをユーザが起こしたと言う事です。直接でなく、間接的に、結果的に、最終的に書き変わってしまったと言う事もあり得ます。
＞調べてみるとOSXデフォルトのアプリケーションはほとんど全部グループが"admin" であるのに、System Preferencesアプリケーションだけがなぜか"wheel"なのです。なぜなのでしょう？これって正常なのですか？
MacOSX的にどうか？と言う事なら正常でしょう。うちでもそうなってます。

長々とおつきあいいただいてありがとうございました。
いろいろ試してみないと気のすまない性分が災いしているようです。
あとは自分で調べて勉強します!