２つのmacでMailの内容をいつも同期しておきたいのですが。

なるほど、いろいろ有り難うございます。
今のところは、web mailの比重を増やして、その分面倒な作業（両方のメールアカウントの整理）等を減らし、
「Portable Thunderbird OS X」等の使用について見当を加えてみます。
将来的には社内にメールサーバーをおくと言うのは究極の解決方法のような気がします（笑）
でもiPhoneがでたら、皆が同じ悩みを持つような気がするんですが、、、、
でも皆さん有り難うございました。
勉強になりました。

>でもiPhoneがでたら、皆が同じ悩みを持つような気がするんですが、、、、
その辺は WebMail に移っていくんじゃないですかねえ。僕ははにさんも書いてますが基本的には携帯やモバイルは GMail に飛ばしています。大体スパムを取り除いた上で、新着順にシンプルな表記で並べてくれるので重宝しています。送信者のメールアドレスなども指定できますので、相手からの返信があちこちに届くということもない。ただ Bcc で自分を指定しないと発信メールについては両方のデータベースがシンクロしないですが。

# 念のため訂正。
> 5) 全てのMail.appを・・・app本体以外のファイルを全てエイリアスにして
エイリアスでもうまく行ったという報告も過去にありましたが、基本的にはエイリアスではなくてシンボリックリンクですね。訂正。