さんざん試しましたがゴミ箱が空になりません

> これ以外に表示されたら、
> rm (表示されたファイル)
これはファイル名が文字化けしている場合、消せないことが多いです。文字化けしているときは、./* などとしてワイルドカードでマッチさせないと消せないことが多いです。（文字化けしているときは、実際のコードは見えるものとは違うことがほとんどなので）

「ファイル名に全角は使わないでくださいね」とお願いしていた頃の知識でした。昔のHP-UXでは、シェル上でカット＆ペーストでOKだったので、失礼しました。
やっぱり.Trashごと消す
rm -r .Trash
が一番早いようですね。

はにさん私の書き方が悪かったですね。
>パスワードを入れた後、何かメッセージは表示されましたか？
何もメッセージが表示されずにプロンプトにもどったのなら削除は出来ています。
何も表示されません。そのままプロンプトに戻りました。そこから教えて頂いた通りに「ls .Trash」を入力しました。がその後もプロンプトに戻り表示はありませんでした。ゴミ箱はそのままです。
一応意味のないテキストを作成し、削除されるかどうか同じゴミ箱に入れて再度試しましたが、結果は同じでその書類も削除されませんでした。

Y. Kawabe さんありがとうございます。
>「cd」だけでリターンを押してください。次に「sudo rm -r .Trash」（そのままコピペで入力）でどうでしょう？
だめなら改めて「ls -l .Trash」の結果を教えてください。
教えて頂いた通りに行いました。結果表示されたのは「ls: .Trash: No such file or directory」です。ゴミ箱もそのままです。何かお分かりでしょうか？
スーパーエキセントリックな現象なのでしょうか？

かつみさんありがとうございます。紹介されている「chflags -R nouchg 」コマンド行ってみました。「chflags: /Volumes/FileHD-3 4G/.Trashes/501/フォルダ//e¨A^c??C?A?o´ci´ta^A¨A°Ei¨?a`A´e`a¨A°AC?《C?±C?.url: Invalid argument
chflags: /Volumes/FileHD-3 4G/.Trashes/501/フォルダ/e¨A^c??C?A?o´ci´ta^A¨A°Ei¨?a`A´e`a¨A°AC?《C?±C?.url: Invalid argument」この表示が出て元のプロンプトに戻ってしまいました。ゴミ箱はそのままです。

> 「chflags: /Volumes/FileHD-3 4G/.Trashes/501/フォルダ//e¨A^c??C?A?o´ci´ta^A¨A°Ei¨?a`A´e`a¨A°AC?《C?±C?.url: Invalid argument
ん？　その消えないファイルは起動ボリュームではなく、「FileHD-3 4G」というボリュームにあるファイル？
ゴミ箱の本体である.Trashはボリュームごとに存在するので、起動ボリューム以外にファイルがある場合は少し操作が変わってきます。
sudo rm -r '/Volumes/FileHD-3 4G/.Trashes/501'
でファイルは消えないでしょうか？

HALさんありがとうございます。早速試してみましたが「rm: /Volumes/FileHD-3 4G/.Trashes/501/フォルダ/e¨A^c??C?A?o´ci´ta^A¨A°Ei¨?a`A´e`a¨A°AC?《C?±C?.url: Invalid argument
rm: /Volumes/FileHD-3 4G/.Trashes/501/フォルダ: Directory not empty
rm: /Volumes/FileHD-3 4G/.Trashes/501: Directory not empty」のメッセージが出てやはりゴミ箱は削除されませんでした。

すいません。
sudo rm -rf '/Volumes/FileHD-3 4G/.Trashes/501'
ですね。でも、Invalid argumentが出るところをみるとコマンドからでも文字化けのファイルは消せないかも・・・。
パーティションを分けているのであれば、データを別にバックアップしてパーティションごと初期化してしまうのが結果的に一番速い？
# 知り合いのマシンで最近コマンドからも消せないファイルというのがあったのですが、初期化してもその後のシステムのインストールが途中でストップしてしまい結局ディスクが物理的に逝っちゃってたっていうのがありました。気をつけておいた方がいいかも？

sudo で操作しているのでやってみる価値は無いかも知れませんが、システム環境設定＞アカウント で管理者権限のある新規アカウントを作成して（現在のアカウントはログアウトする）ログインし、ターミナルで下のコマンドを実行したらどうでしょう。
sudo rm -rf /Users/ユーザ名/.Trash/
上記の「ユーザ名」は問題がある半角文字のユーザ名です。

sudo rmでエラーが出ていないのであれば、ゴミ箱の実体は消えています。Dockに見えていても無視して、すぐにログアウトーログインしてみてください。

>他のファイルを入れるとメッセージがでてすぐに消去されます
これは起動ボリュームのファイル？　他のボリュームのファイルだとどうですか？
ATOK 17（アップデート済み）使ってます？

　私も同様のトラブルになったことがあります。
　どうも、不可視ファイルが問題なようです。
　私の場合には、超裏技でクリアしました。
　OS9.2.2でも立ち上げられる機種だったので、まず、OS9.2.2で起動します。
　と、OSXの不可視ファイルも見えてきます。
　systemのゴミ箱の中を探し出しました。
　Reseditで不可視設定を除去し、手動で消しました。
　ただ、今の機種では難しいですね。
　ターゲットモードで外から立ち上げるという手もあるかもしれません。

.Trashを消すと、そのようになります。ゴミ箱が無いので、deleteが即ファイル削除になるためです。（やってみるとわかります。）

Y. Kawabe さんありがとうございます。再起動してみましたが、ゴミ箱は消去されていませんでした。sudo rmでエラーはでていません。手に負えないファイルかなとあきらめ、完全消去するべく現在データを外付けHDにコピー中です。消去できましたらまた書き込み致します。

新規ユーザーを作っても駄目なの？
試していたらすみません