USBハードディスクを認識するがマウントされない

Windows2000に外付けHDをUSBで接続・共有させMacとWindowsでデータをやりとりしていました。
先日，Windows2000を起動させたところ，何か共有させていたこのドライブをWindowsOSが何かしらチェックしていました。
Lost chain cross-linked at cluster 3606804.Orphan truncated.
Convert lost chain to file Y/N? Y
という表示がでており，何か勝手に「Y」を選択されていました。以降というもの，タイトルの症状に悩んでおります。
ディスクユーティリティを使いマウントさせるのですが「マウントに失敗しました」と言われ，FirstAidを実行するよう促されます。
FirstAidで「ディスクを修復」させるも「ファイルシステムの検証または修復に失敗しました。」として完了できず。（HDの認識はしています。）
フォーマットはMS-DOS(FAT32)と認識しており容量も表示されます。
試しにWindows2000とXPに接続しましたがどちらも「正常」と表示されるもマウントされず，フォーマットも表示されません。
最終手段としてHDを認識させるために，フォーマットをしようと考えて，このHDの購入時のフォーマットがFAT32でそのまま使用してきたこともあり，FAT32で再フォーマットを試みるも「できませんでした」とのダイアログが表示されて実行できませんでした。MacではFAT32のフォーマットはできません。
そこで，FATかNTFSでフォーマットしようと思っているのですが，今回のように違う形式でフォーマットした場合，やはり元あったデータは一切復旧できないのでしょうか。
データレスキュー2でデータのサルベージを考えてるので，フォーマットはNTFS形式を選択しようかと思っています。
（ちなみに現在の状況でデータレスキューを使い，サルベージを試みましたが復旧作業はできるものの，復旧先のフォルダには何も無い状態。）
フォーマットする前に他に方法などあれば，そちらもあわせてお教えいただければと思います。
外付けHDはバッファロー制のHD-H250Uです。（バッファローのHPでは「フォーマットして下さい」としかありません。。。）