スマートフォルダからファイルが消える

皆様はじめまして。過去に投稿された記事には見当たりませんでしたので投稿いたします。

1000個以上の文献をPDFで管理しており、文中のキーワードで抽出しスマートフォルダにまとめて利用していますが、ファイルをプレビューやSafariなどで開くとフォルダのリストから消失するという現象に悩まされています。

すべてが消失するわけではなく、およそ4分の1くらいがこの現象に該当します。ファイル名の文字数やリガチャの有無(fi、flなど)は関係なさそうで、ファイル名を無関係なものに変更(例えばabcとか)しても改善しません。ファイルの情報を見ても特に違いがある訳ではなく、最近Leopard上でPDF化したファイルでも発生します。アクセス権の修復とSpotlightの再構築をやってみましたが改善しません。消えるファイルはいつも同じですので、特定のキーワードで生じるというよりは、ファイル自体に存在する問題のようです。

検索ボックスのキーワードを削除して入力し直せばまた表示されますが、多くのファイルを比較しながら読むときに大変困っております。

どなたか同じ現象に遭遇された方はいらっしゃいませんか?問題点があるとすればどのようなポイントが考えられるでしょうか?

ヒントだけでも結構ですのでよろしくお願い申し上げます。

投稿日 2009/07/06 08:08

返信
返信: 34

2009/07/06 10:37 sawert への返信

役に立たつか解りませんが(ヒントになれば良いのですが) なお実行済みならスルーして下さい。

消失する書類をコピーして新しく名前を付けて保存(テキストエンコーディングで別のコードにする)してから試してみられては如何でしょうか。

2009/07/06 19:12 macharumagedon への返信

macharumagedonさま、アドバイスいただきましてありがとうございました。

ファイルを複製して名前を変えてもやはりだめでした。PDFだったせいかテキストエンコーディングの変更そのものができませんでした。

引き続き情報を頂ければ幸いです。

2009/07/06 19:17 ぴっぴ への返信

ぴっぴさま、アドバイスいただきましてありがとうございました。

ご指摘の様にJavaScriptをOFFにして該当のPDFをダウンロード、保存してみましたが、やはり改善しないようです。

念の為定義ファイルを最新にしたVirusBarrierでウィルスチェックをしてみましたが、ウィルス類のものは検出されませんでした。

引き続き情報をお待ちしております。

2009/07/06 19:51 sawert への返信

投稿者です。


問題となる文献の一部を挙げてみます。どなたか動作確認していただけないでしょうか?

自分の環境に問題があるのであれば諦めもつくのですが...

勝手なお願いばかりで申し訳ございませんが、よろしくお願い申し上げます。


以下の文献はPubMedという医学文献データベースから検索できます。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez

まずPMID8桁を入力しGoをクリック。

右側のリンク(Free, Finalなどと書かれています)をクリック。

Full Text PDFのリンク(Journalによって違います)をクリックすると表示されます。

保存するにはSafariの別タブでPDFを表示してから別名で保存するか、PDFを右クリックしてプレビューで開き別名で保存する必要があります。


この文献では"PCR"が問題の検索キーワードになります。"gene"では問題の現象は起きません。


1: Carroll BT, Dubyak GR, Sedensky MM, Morgan PG. Sulfated signal from ASJ

sensory neurons modulates stomatin-dependent coordination in Caenorhabditis

elegans. J Biol Chem. 2006 Nov 24;281(47):35989-96. Epub 2006 Sep 13.

PubMed PMID: 16973616


2: Das DK, Maulik N. Cardiac genomic response following preconditioning stimulus.

Cardiovasc Res. 2006 May 1;70(2):254-63. Epub 2006 Feb 28. Review.

PubMed PMID: 16566910

2009/07/06 19:57 sawert への返信

直接のお答えではありませんが、私自身はスマートフォルダは使いません。理由は、


1) 登録されるファイルが完全に網羅されるとは限らない

2) 毎回、情報の更新か何かで時間が掛かる

3) 様々なトラブルがある/ありそう(←もう使わなくなってだいぶ経っているので、どういうトラブルかは忘れました (^^;)。)


結局、スペースを取るけれども、処理時間や完全性から言っても、ある専用のリアルなフォルダを用意して、そこに必用なファイルをコピーする、ないしファイルの alias を置くという方法が確実だと考えるようになりました。


(どうも、Mac OS X の新技術って、Spotlight もそうなんですけど、謳い文句通りなら素晴らしいのですが、どれもきちんと作動しないんですよねぇ (^^;)。)


すみません。お役に立たない情報で m(._.)m。


--------------------

Apple 17" MacBook Pro (Intel Core 2 Duo T7600/2.33 GHz/3 GB RAM/500 GB HDD)

Mac OS X 10.5.7 (Build 9J61) [Leopard]

2009/07/06 20:23 sawert への返信

sawert さんによる書き込み:



1: Carroll BT, Dubyak GR, Sedensky MM, Morgan PG. Sulfated signal from ASJ

sensory neurons modulates stomatin-dependent coordination in Caenorhabditis

elegans. J Biol Chem. 2006 Nov 24;281(47):35989-96. Epub 2006 Sep 13.

PubMed PMID: 16973616

私の所でもPCRで消えました。geneで消えません。ちなみに、pCR2.1でも消えました。


MacBook Pro(Late2007)

OS X 10.5.7

2009/07/07 01:22 しい坊 への返信

しい坊さま、はじめまして。

ファイル中のキーワードを手がかりに必要そうな文献をピックアップできるので、非常に重宝していました。アドバイスいただいたように、今後は使えそうなファイルは別フォルダにエイリアスでまとめるようにしてみます。

後で使えるかもしれないと保存したファイルが溜まりに溜まって結局整理できずというのが、諸悪の根源でしょうね。

PDFを管理する専用のアプリケーションを使うという手もありますが、SpotlightはOS標準の機能であり手軽さに魅力があると思っています。

単に移行するのが大変そうというのも理由ですが...

2009/07/06 20:36 ni_ki への返信

ni_kiさま、お忙しいところ動作検証していただき誠にありがとうございました。

自分だけの問題ではないようで、すこし安心いたしました。

どうやら同じキーワードでも消えるものと消えないものがあり、しかもキーワードによって挙動が違うということのようですね。

Spotlightに起因する問題ということでしょうか?


私の環境を書くのを忘れていました。申し訳ございません。

MacBook Pro, 15-inch, Core 2 Duo 2.33GHz, 2GB RAM, 10.5.7 (9J61)です。

2009/07/06 22:06 sawert への返信

Smart Folderは癖があるので使いません。その代わりData VolumeのFolderとOSXのDocumentsの中などにSymbolic Linkを張って使います。Symbolic Linkは(Aliasと似ていますが)Terminal Commandが使えるので非常に便利です。


Spotlightは検索に癖があり正確な検索には向いてません。保存してあるDataからKeywordで探すときはSpotlightで大まかな検索をするのに使います。FinderのFindは様々な条件で検索できますが、Commandのfindだと更に曖昧な検索も可能です。また特定のSite専用の検索EngineをJavaScritpで作りBookmarkにしてSafariやFirefoxで利用しています。

2009/07/06 23:22 sawert への返信

sawert による書き込み:



1: Carroll BT, Dubyak GR, Sedensky MM, Morgan PG. Sulfated signal from ASJ

sensory neurons modulates stomatin-dependent coordination in Caenorhabditis

elegans. J Biol Chem. 2006 Nov 24;281(47):35989-96. Epub 2006 Sep 13.

PubMed PMID: 16973616



PCRを検索キートするスマートフォルダを作成し、ファインダのサイドバーに登録しました。

結論:消えません。

開き、閉じても、残っています。


Spotlightで”PCR”で検索し、検索結果の全部を表示する画面上では、当該ファイルを開くと、消えます。

用済みだからか?(未確認と確認済みを分かりやすくするためか?)


PS:

スマートフォルダは単なる検索結果のリスト出力なんで、ファイルを入れる/入れないと言うのは、違和感がありますね。

2009/07/07 00:21 xy への返信

xyさん、アドバイスいただきましてありがとうございました。


> PCRを検索キートするスマートフォルダを作成し、ファインダのサイドバーに登録しました。

> 結論:消えません。

> 開き、閉じても、残っています。


ごめんなさい。私の環境では再現できませんでした。ファイルを開くとやっぱりリストから消失してしまいます。

いったんフォルダを閉じて再度開けば元通りになるんですが。


> Spotlightで”PCR”で検索し、検索結果の全部を表示する画面上では、当該ファイルを開くと、消えます。

> 用済みだからか?(未確認と確認済みを分かりやすくするためか?)


同じ"PCR"というキーワードで抽出され、リスト化された他の文献は開いても消えないんです。

消えるものと消えないものの差はいったいどこからきているのかなと、疑問に思った次第です。


問題のファイルを開いたときに何かのメタタグが書き換えられて、検索クエリーに一致しなくなったため表示されなくなったということなんでしょうか。Macの内部動作とかクエリーの構文はよくわからないので、あくまで勝手に想像しているだけですが。


2009/07/07 01:05 sawert への返信

訂正:消えました。


状況は以下の通り。


念のため、いったん、ログアウトした。

ファインダのサイドバーにあるPCRのスマートフォルダを選択

→論文がある。(スマートフォルダの下部に実際の所在が表示されている)。


論文をダブルクリックして開き、閉じる。

→消えないじゃん、と思ったら、ワンクッション置いて消えた。


別のスマートフォルダを選択してから、再度、PCRのスマートフォルダを選択

→論文がある。


論文をダブルクリックして開き、閉じる。

→消えている。


すなわち、2回目以降は、消えるのが早い(ほとんど一瞬か)。

開いているさなかにどうなっているかは未確認。


理由を追求していると、仕事ができないので、とりあえず、ここまで。

何か試した分かったら、書き込みます。


2009/07/07 01:06 ぴっぴ への返信

とても便利そうで大変参考になります。私のスキルではまだまだ使いこなせていないので、もっと勉強しなくてはダメですね。


Spotlightを使いつづける理由としては、PDF本文も検索対象としているところにあります。たとえば自動的に文献をダウンロードしてPDFで管理するソフトウェアでは、Author, Abstract, Journal, YearなどPubMedという医療データベースに登録されている項目以外は検索対象とならないものがあります。

また、こういったソフトウェアで独自のデータベースを持たない場合、検索クエリーはSpotlightに丸投げしているかもしれません。この場合Spotlightの問題が改善されなければ本質的な解決にはならない気がします。


どうにかいい方法はないものかと思案していますが、乏しい私の知識ではすぐ壁にぶつかってしまいます。


PS. findでも本文の検索はできますでしょうか?

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