「再ログイン時にウインドウを再度開く」

またchmod 700 ByHostの実行は元の状態には戻せません。

戻せないという事はないでしょうが（最悪ByHostのフォルダを削除すれば再生成される）、アクセス権の変更をすればメニューエクストラ他、さまざまな設定が保持されなくなるので変更はしない方がいいと思います。

ご指摘有り難うございます。

option キーを押しながらの再起動は確認ダイアログをスキップするだけじゃないかな？

再起動前に再開するか選択するだけでなく、再起動後にもログイン時に選択／再開をスキップできるようになるといいですね。

電源スイッチの長押しで強制電源断したあとの再起動で、「さっきは使っていたが、(不調の原因かもしれないので)今は起動して欲しくないアプリ」のウィンドウまで再度開かれるのが、問題解決の妨げになりかねません。

そう考えるときは、shiftキーを押してセーフブートすれば良いのでは？

強制電源断で異常が生じたかもしれないHDDのメンテナンスも行えます。