フタをしてもスリープランプが点滅しない熱を持ってしまう

下記のリンク先とSMCリセットを取りあえず試して見ては如何でしょうか。

とりあえずトラブルシューティング

Mac の PRAM および NVRAM をリセットする

Intel-based Macs：SMC (システム管理コントローラ) のリセット

外付けディスプレイは接続してらっしゃいますか?(ACアダプタを繋いだ状態で外付けディスプレイがあると、確かスリープしません。)

それとメニューからスリープを選択した際にはスリープしますでしょうか?

Safe Boot中にディスプレイを、閉じるとスリープしますでしょうか?

/Library/Preferences/SystemConfiguration/com.apple.PowerManagement.plist

これが壊れたのか?

# 捨てて再起動で問題ないPLISTが生成されます。

何かSleepの邪魔をするProcessや外付けの機器があるのかも。

# Anti-Virus Softか他のProcessとか...

Energy Saver # 一部を除きDefaultのままです。