mountain lionをapple storeで購入したのですがダウンロード方法がわかりません。

2014/12/30 時点でも同様のようです。

「すべての商品に関する操作」とメールには書いてあり、また、注文状況のホームページでは「手続き完了」となっていますが、実際にはしばらくダウンロードできないようです。

サポートによると、

注文の受付等は手作業でやっているとのことで、ダウンロード販売にもかかわらず１～３営業日必要とするそうです。

営業日を必要とするのにかかわらず、年末年始の営業日などは明確にしていないそうです。
最終的には pdf とそのパスワードを含む２通のメールが別途来るそうですが、

「ご注文ありがとうございます」のタイトルのメールにはその旨が書かれておらず、またホームページにもその旨は書かれていません。

サポートは部署も違うのでこのコミュニティのページに情報を提供することもできないそうです。

2通の PDF 到着。
Apple の App Store 担当(自称)の人の説明だと、Apple Store と App Store は部署が違う。私が注文したのは Apple Store だからお答えしかねるとのことだった。

しかし、到着した PDF には

「AppleソフトウェアをMac App Storeでご購入いただけるようになり、ご購入いただいたソフトウェアのエンドユーザへの配布がさらに容易になりました。」

どうやら、Apple Store で購入したソフトウェアも一括して Mac App Store で扱うようになったらしい。そして、App Store アプリから Mountain Lion をダウンロードできるようになった（それ以外の選択肢はないようだ）。

対応した Apple の人はご存じなかった模様。

これをみると１年以上も前にシステムを変えたが、メールの文言は変えていないというのが真相に近そう。

App Store アプリからのダウンロードのみが可能で、最初のメールに書かれている
「Apple Online Storeアカウントページを開きます。「アカウント」ページで、「ご注文履歴を表示」をクリックします。お客様のApple IDとパスワードでサインインし、「すべての商品に関する操作」をクリックして、「今すぐダウンロード」を選択します。」

というダウンロードの方法はもう取りやめになったのではないかと推測される。