セーフブートでは改善しないということでいいのですよね?
で、.GlobalPreferences.plistを削除して再起動してみて、設定を元に戻したのですが、スクロールバーの設定だけが変えられません。
OS X Mavericksでは設定ファイルを削除してもタイミングが悪いとキャッシュから再読み込みしてしまうので、シングルユーザモードで削除した方がいいかもしれません。シングルユーザモードで起動した状態で下記のコマンドを実行してみてください。
/sbin/mount -uw /
cd /Users/username/Library/Preferences
mv .GlobalPreferences.plist .GlobalPreferences.plist.old
exit
usernameとあるところは問題のアカウントのユーザ名に置き換え、打ち間違いのないように実行してください。入力してエラーが返ってくる場合は入力に何らかのミスがあるのでその場合はエラーの内容を確認して正しく実行し直してください。
それでも改善しない場合はターミナルで下記のコマンドを実行し、その出力結果を教えてください。
ls -lad ~/Library/Preferences
ls -la ~/Library/Preferences/.GlobalPreferences.plist