OSX Yosemiteにアップデートしてから,終了や再起動が遅いという問題ですが,duke様のお役には立てないかもしれませんが,「私も同じ質問です」の方に役に立つかもしれないので,書き込みさせていただきます。
すでに野尻隆裕様が書き込みしている,
MacintoshHD/ライブラリ/LaunchDaemons
MacintoshHD/ライブラリ/LaunchAgents
MacintoshHD/ライブラリ/Preferences
の中の古いバージョンのParallels関係のファイルを削除して,
再起動後(この時はまだ遅い)に,治るという例の実例を報告しておきます。
Macmini mid2011(OSXYosemite)上で,Parallels9を使っていますが,このマシンでは,YosemiteのインストーラがLaunchDaemonsなどの中の旧バージョン用のParallelsのファイルなどを互換性がないものとして検出して退避してくれましたので,問題は起きませんでした。このMac miniでは,Parallelsを以前から使っていたので,Parallels9には必要のない,古いバージョンのParallels関連のファイルが残っていたのだと思います。
Yosemiteのインストーラーがうまく検出してくれないケースがあると,こうしたファイルが残ってしまう場合もあるかもしれません。
Macmini late2012, MacBookAir mid2011では,かつてParallelsを使用したことがありますが,現在は使っておらず,アンインストールしてありました(アンインストールしたつもりになっていました)。しかしファイルが残っており,これによってシステム終了と再起動がおよそ3分くらいかかるという問題が起きました。
上記の古いバージョンのParallels関係のファイルを削除してからは,すぐに終了するようになりました。
ここまでで,私の環境でも事例の報告は終わります。
ここからは,推測だけの話になります。
duke様の書き込みや,アップされた初期設定ファイルを見ると,仮想化ソフトが2種類,アンチウイルスソフトが2種類,さらにバックアップソフトやドライブの最適化ソフトなど,システムに影響を与えそうなソフトをいろいろと使っていたり,過去に試したりしたように思われます。場合によっては,それらの組み合わせによって,不具合が生じることもあるかもしれないと思います。
以上です