失礼致します。
OS X Yosemite(10.10.3)以降にアップグレードした場合、「iPhoto」同様「Aperture」も「Aperture(3.6.1)」よりも
前のバージョンの「Aperture」は使用出来なくなります。
(「iPhoto」の場合は、「iPhoto(9.6.1)」よりも前のバージョンの「iPhoto」は使用出来なくなります)
私は「Aperture」を使用しておらず、またパッケージ版の Apple 製アプリケーションも使用していないので検証出来なくて
すみませんが、「」メニュー >「App Store」>「購入済み」に「Aperture」が表示されていませんでしょうか?
(「Aperture」を使用していないので、以下は「iPhoto」の例です)

「購入済み」に「Aperture」が表示されている場合は、「Finder」を開き「アプリケーション」内の「Aperture.app」を
管理者パスワードを入力して「ゴミ箱」に入れる事で、「Aperture」の右側に有る「状況」ボタンが「インストール」に
変わり、OS X Yosemite(10.10.3)以降でも使用出来る「Aperture(3.6.1)」を再インストール出来ます。
(「Aperture」を使用していないので、以下は「iPhoto」での例ですが、「Aperture」でも同様です)

現在 Mac App Store から OS X Yosemite(10.10.3)以降でも使用出来る「Aperture(3.6.1)」や「iPhoto(9.6.1)」は
削除されていますので、「購入済み」に「Aperture」が表示されていない場合は、残念ながら「Aperture(3.6.1)」を
再インストールする事は出来ません。
(現在、再インストール以外に「Aperture(3.6.1)」を入手する方法は有りません)